Zu den dunkleren Kapiteln Usedoms gehört die ehemalige Heeresversuchsanstalt Peenemünde, der Entwicklungsort der ersten voll funktionsfähigen Großrakete. Bekannt wurde diese Boden-Boden-Rakete unter dem ihr von Joseph Goebbels im Oktober 1944 gegebenen Propagandanamen Vergeltungswaffe 2, kurz "V2". In der benachbarten Erprobungsstelle der deutschen Luftwaffe „Peenemünde-West“ wurde der erste Marschflugkörper, die Flugbombe Fi 103, genannt "V1" getestet. Diesem Thema widmet sich das Historisch-technische Informationszentrum Peenemünde.

Ebenfalls interessant ist der Hafen von Peenemünde. Dort ist ein russisches dieselelektrisches U-Boot zu besichtigen. Peenemünde war in der DDR ein Stützpunkt der Volksmarine. Der nahe Flughafen, der ebenfalls zur Erprobungsstelle der Luftwaffe Peenemünde West gehörte, wurde ab 1961 vom Jagdfliegergeschwader 9 der Luftstreitkräfte der Nationalen Volksarmee der DDR genutzt. Nach der Wiedervereinigung schloß der Truppenstandort 1993.